《增值税暂行条例》第十五条规定，农业生产者销售的自产农产品免征增值税。《增值税暂行条例实施细则》第三十五条明确了条例第十五条规定的部分免税项目的范围：第一，农业，是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业。第二，农业生产者，包括从事农业生产的单位和个人。第三，农产品，是指初级农产品，具体范围由财政部、国家税务总局确定。财政部、国家税务总局《关于印发〈农业产品征税范围注释〉的通知》（财税〔1995〕52号）根据细则的规定，对农业产品的征税范围进行了分类列举和明确。农业生产者销售的自产农业产品，是指直接从事植物的种植、收割，动物的饲养、捕捞的单位和个人销售的注释所列举的自产农业产品免征增值税；对单位和个人销售的外购的农业产品，以及外购农业产品生产、加工后仍然属于注释所列举的农业产品，也不属于免税的范围，应当按照规定税率征收增值税。
　　随着企业的发展，企业的经济链也相应发生了变化，从事加工业的企业向种植、养殖业发展，从事种植、养殖业的企业向加工业延伸，企业此时应注意国家税收政策的有关规定。企业设立形式、核算方式不同，税收负担也不一样。
　　【案例一】
　　某农场是个闻名全国的产粮区，生产优质小麦。2009年，根据市场调研，该农场决定新成立一家年生产能力达10万吨的面粉加工企业，预计2009年实现销售收入18800万元，其中主产品面粉收入15850万元，副产品麸皮收入2950万元；加工成本15600万元，其中小麦成本14600万元，制造成本1000万元；取得进项税金2351.61万元，其中小麦进项税金2181.61万元，制造成本进项税金170万元。现在设立企业有两种方式：
　　1.设立具有法人资格的独立核算企业
　　设立具有法人资格的独立核算的面粉加工企业，虽然加工面粉用的原材料小麦仍是农场生产的，但农场与面粉加工企业是两个独立核算的具有关联关系的企业法人，两企业间的业务应按独立交易原则分别进行购销业务处理。因此，根据财税〔1995〕52号文件的规定，面粉加工所需的小麦，对于面粉加工企业来说，属于外购的农业产品，用外购的农业产品所产出的面粉虽然属于财税〔1995〕52号文件列举的农业产品，但不属于财税〔1995〕52号文件的免税范围，应征收增值税。
　　副产品麸皮为饲料，符合备案类增值税免税条件，免征增值税。
　　应纳增值税：15850×13%－[2351.61－（2950÷18800）×2351.61]＝77.89（万元）。
　　2.设立不具有法人资格的非独立核算加工车间
　　根据财税〔1995〕52号文件中《农业产品征税范围注释》对植物类粮食的规定，粮食是指各种主食食科植物果实的总称。本货物的征税范围包括小麦、稻谷、玉米、高粱、谷子和其他杂粮（如大麦、燕麦等），以及经碾磨、脱壳等工艺加工后的粮食（如面粉、米、玉米面、玉米渣等）。某农场是直接从事植物种植的单位，不具有法人资格的非独立核算的面粉加工车间，经碾磨工艺加工后所生产的面粉仍为注释所列举的自产农业产品。因此，该农场加工销售的面粉属财税〔1995〕52号文件规定的增值税免税范围，不征收增值税。取得的制造费用进项税金170万元应作进项税转出处理，不得抵扣进项税金。应纳增值税为零。
　　【案例二】
　　某水产加工企业，主要从事水产品的初加工（冷冻、冷藏、盐渍等防腐处理真空包装后，供应各大超市）和深加工（熟制风味水产品）业务，预计2009年实现销售收入8000万元，其中初加工收入6000万元，深加工收入2000万元；加工成本5500万元，其中原料成本5100万元，制造成本400万元；取得进项税金830.07万元，其中原料进项税金762.07万元，制造成本进项税金68万元。该企业股东为了降低原料成本，实现原料自给，决定新上水产养殖企业。现有两种企业设立模式可供选择（假设新上养殖企业为A，水产品初加工企业为B，水产品深加工企业为C）：
　　1.该企业新设立独立核算的水产养殖场，原企业不变，即“A，B＋C”模式。
　　根据财税〔1995〕52号文件中《农业产品征税范围注释》对动物类水产品的规定，水产品是指人工放养和人工捕捞的鱼、虾、蟹、鳖、贝类、棘皮类、软体类、腔肠类、海兽类动物。包括经冷冻、冷藏、盐渍等防腐处理和包装的水产品。干制的以及未加工成工艺品的贝壳、珍珠，也属于本货物的征税范围。新上独立核算的养殖企业A是直接从事动物饲养的单位，所生产销售的产品为注释所列举的自产农业产品，免征增值税。应纳增值税为零。
　　原加工项目（即B＋C），是具有法人资格的独立核算的加工企业，B＋C企业用养殖企业A的产品进行生产加工，所耗用的原材料应按独立交易原则作购进业务处理。根据财税〔1995〕52号文件的规定，水产品初、深加工所需的原料对该企业B+C来说，属外购的农业产品，虽然所生产出来的初加工产品仍属于财税〔1995〕52号文件列举的农业产品，但不属于财税〔1995〕52号文件规定的免税范围，同深加工产品一样应征收增值税。
　　应纳增值税：8000×13%－830.07＝209.93（万元）。
　　2.该企业设立非独立核算的水产养殖场后，将水产品深加工C企业分立出去，独立核算，即“A＋B，C”模式。
　　该企业原来的水产品初加工（冷冻、冷藏、盐渍等防腐处理真空包装后）环节所生产的产品虽然是财税〔1995〕52号文件列举的农业产品，但由于该企业不是农业生产者，不符合“农业生产者销售的自产农产品”的免税条件。新上非独立核算的水产养殖场后，该企业由“外购农业产品生产、加工后仍然属于注释所列的农业产品”行为变为“农业生产者销售的自产农产品”行为，符合财税〔1995〕52号文件规定的增值税免税条件。
　　而水产品深加工（熟制风味水产品）环节，由于最终产品不是财税〔1995〕52号文件列举的农业产品，不属于文件规定的免税的范围。因此，将深加工环节分立出去，独立核算，按照规定税率征收增值税。
　　①新上水产养殖项目与初加工环节，即A+B，取得的制造费用进项税金68万元中，应由加工环节负担的部分作进项税转出处理，不得抵扣进项税额。应纳增值税为零。
　　②独立核算的水产品深加工，即C企业，假设深加工原料成本1200万元，其中原材料成本1100万元，制造成本100万元。取得进项税金181.37万元，其中原材料进项税金164.37万元，制造成本进项税金17万元。
　　应纳增值税：2000×13%－181.37＝78.63（万元）。
　　【案例分析】
　　从案例一和案例二可以看出，企业的设立形式、核算方式要符合《增值税暂行条例》及其实施细则、财税〔1995〕52号文件规定的“农业生产者销售的自产农产品”条件，方能享受增值税免税优惠。
　　案例一中，面粉企业独立核算时则不能免增值税，某农场只能在种植环节享受增值税免税优惠，当采取“种植＋加工”方式，面粉加工环节非独立核算时，就符合了“农业生产者销售的自产农产品”的条件，因此，“非独立核算”比“独立核算”节税。
　　案例二中，新上独立核算的水产养殖场后，原水产品加工企业初、深加工仍不能免增值税，当设立“加工＋养殖”，水产初加工非独立核算时，水产品初、深加工都符合了“农业生产者销售的自产农产品”条件，但水产品初加工免征增值税，深加工不能免征增值税。由于深加工环节仍不能免增值税，且水产养殖场的进项税取得比较低，加之深加工应税产品前期养殖环节的增加值不能免税和后期加工环节进项税额抵扣不足，所以，将深加工环节分立出去，独立核算，一是解决了深加工前期养殖环节增加值不能享受增值税免税优惠的问题，二是解决了深加工进项税额抵扣不足的问题。因此，“A＋B，C”模式比“A，B＋C”模式节税。