由于“特殊性税务处理”与“一般性税务处理”的计税基础不同，“特殊性税务处理”反而会在一些情况下造成重复纳税，应引起重组双方足够的重视。
　　案例“说话”
　　例如，甲公司持有A公司100%股权，该项投资的计税基础是1000万元，公允价值1亿元。2010年6月，甲公司与乙公司达成股权收购协议，乙公司收购A公司80%的股权，同时增发4000万股股份支付给甲公司，价值8000万元。以上交易符合59号文件规定的其他“特殊性税务处理”条件。2011年9月，甲公司将乙公司4000万股份转让给丙公司，转让价格9800万元。2011年10月，乙公司将A公司80%的股权转让给丁公司，转让价格8800万元。
　　如果在2010年度的股权收购环节，甲、乙双方选择采用“特殊性税务处理”，其应分别缴纳的税款计算如下：
　　在2010年度的股权收购环节，甲公司暂不确认股权转让所得，乙公司取得的A公司80%股权的计税基础是800万元（1000×80%），甲公司取得的乙公司4000万股份的计税基础，是转让的A公司80%股权的计税基础，即800万元。2011年度，因股权转让，甲公司应缴纳企业所得税[（9800-800）×25%]=2250万元，乙公司应缴纳企业所得税[（8800-800）×25%]=2000万元，甲、乙公司共缴纳税款4250万元。
　　但是，如果2010年双方不选择“特殊性税务处理”，而是采用“一般性税务处理”，上述交易中，甲、乙双方应缴纳的税款金额则按如下过程计算：
　　2010年度的股权收购环节，甲公司应缴纳企业所得税[（8000-800）×25%]=1800万元.甲公司取得乙公司的4000万股份的计税基础是8000万元，乙公司取得A公司80%股权的计税基础是8000万元。2011年度，甲、乙公司因股权转让，甲公司应缴纳企业所得税[（9800-8000）×25%]=450万元；乙公司应缴纳企业所得税[（8800-8000）×25%]=200万元，甲、乙公司共缴纳税款650万元。
　　从整个交易看，甲公司在两种方式下税负相同，选择“特殊性税务处理”时需缴纳企业所得税为2250万元，选择“一般性税务处理”时先后分两次纳税，总计也是2250万元（1800+450），但选择“特殊性税务处理”比选用“一般性税务处理”可递延纳税；乙公司选用“特殊性税务处理”比选用“一般性税务处理”多纳税1800万元。之所以出现这种情况，是因为在“特殊性税务处理”方式下，股权收购方获取的股权，其计税基础是股权转让方的原计税基础，其公允价值与计税基础的差额，在股权重组双方再次转让股权时需分别纳税；而如果选用“一般性税务处理”，在股权转让方按被转让股权的公允价值纳税后，因计税基础的连续性，股权收购方取得股权的计税基础是公允价值。基于此，在资产收购、企业合并、企业分立的重组交易中，如果重组各方选择“特殊性税务处理”方式，也会出现上述重复纳税的税务处理结果。
　　审慎处理
　　在原企业所得税法体系下，《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]第118号）第四条第（二）款规定，如果企业整体资产转让交易的接受企业支付的交换额中，除接受企业股权以外的现金、有价证券、其他资产不高于所支付的股权的票面价值（或股本的账面价值）20%的，经税务机关审核确认，转让企业可暂不计算确认资产转让所得或损失。转让企业取得接受企业的股权的成本，应以其原持有的资产的账面净值为基础确定，不得以经评估确认的价值为基础确定。接受企业接受转让企业的资产的成本，须以其在转让企业原账面净值为基础结转确定，不得按经评估确认的价值调整。该文件的规定与59号文件的宗旨是一致的，也会造成整体资产转让的重组双方重复纳税。
　　但是，《国家税务总局关于执行〈企业会计制度〉需要明确的有关所得税问题的通知》（国税发[2003]45号）改变了整体资产转让重组双方重复纳税的税务处理方式，其第六条第二款规定，符合118号文件第四条第（二）款规定，转让企业暂不确认资产转让所得或损失的整体资产转让改组，接受企业取得的转让企业的资产的成本，可以按评估确认价值确定，不需要进行纳税调整。该文件结束了整体资产转让重组双方重复纳税的税务处理方式。但对于整体资产置换、合并、分立没有此类规定。
　　59号文件出台后，一些企业为减少当期税金支出，使并购重组能顺利进行，也会选择“特殊性税务处理”，还有些企业重组后会长期持有收购股权，这也使“特殊性税务处理”造成的税负摊薄。不同的企业，在具体处理时的选择因此会有所差别。
　　总体来讲，59号文件的“特殊性税务处理”，对降低企业重组时税务负担，促进合理的产业整合起到积极作用，但也存在使重组双方重复纳税的可能。因此，进行企业重组的各方应结合重组目的、未来对重组资产的经营及持有方式、递延纳税的时间价值、重复纳税等因素的综合影响，审慎选择企业重组的税务处理方式。